请教大神居转户申请，社保跟个税缴纳单位不一致怎么办？

我是2018年11月跟中智签的派遣协议，派遣到青岛一家公司，以中智的名义在上海交社保和缴税。2020年1月1号跟本单位上海分公司直接签劳动合同，工资中智代发，社保以上海分公司名义缴纳，但是2020年1月到3月的个税代扣代缴还是中智，等于有3个月个税申报单位跟合同还有社保缴费单位都不一致。

请问这种情况要怎么处理，需要出具什么证明文件吗？

另外，我从这家上海分公司离职的时候，是不是离职证明需要按劳动合同的区间，找人事要中智跟上海分公司的两份离职协议啊？