这个问题相当好，如果按照国家官方公布的报告，从投入角度也就是医疗资源评价，北京当之无愧是第一，医院数量、医生数量遥遥领先全国所有省市。但如果从产出角度也就是各类健康结果指标评价，上海就是当之无愧的全国第一，疾病治愈率等临床医疗健康结果指标同样遥遥领先全国所有省市。简而言之，卫生医疗产出水平上海全国第一，卫生医疗投入资源北京全国第一。国家卫生健康委2022年7月刚刚公布2020年度国家三级公立医院绩效考核国家监测指标考核结果，这是我国第三次公布该“国考”结果。综合性医院全国排名，上海中山医院和上海瑞金医院包揽前二，协和医院仅仅第三。肿瘤专科医院全国排名，上海肿瘤医院排名全国第一。中医院全国排名，上海曙光医院排名全国第一。五官科专科医院全国排名，上海眼耳喉鼻科医院排名全国第一，妇产科医院专科排名，上海妇产科医院排名全国第二。体现了上海医疗综合实力无可争议的全国第一的强大实力。值得注意的是，本次医院国考官方排名，综合性医院的全国十强北京仅留有协和医院一家独苗，首医和北医附属医院全军覆没，没有一家进入前十。
医学领域国家最高层级的(没有之一)——国家医学中心，截止2021年底复旦上医已有4个(复旦儿科医院国家儿童医学中心、复旦华山医院国家神经医学中心、复旦华山医院国家传染病医学中心、复旦中山医院的综合性国家医学中心)，此外，复旦上海肿瘤医院的国家癌症医学中心、复旦上海妇产科医院的国家妇产科医学中心已于2022年被国家卫健委正式确定。复旦上医目前已经拥有6个国家医学中心，完全是一骑绝尘。而大名鼎鼎的协和医学院仅仅拥有阜外的国家心血管病中心和中国医学科学院肿瘤医院到国家癌症中心以及2022年协和医院刚刚获批的综合性国家医学中心。协和医院的综合性国家医学中心不仅时间上晚于复旦中山医院，而且临床专科实力也力有不逮。医学的国家重点学科数量复旦上医也是全国第一，无论是医学院还是医院综合实力，协和都已经不行了。2021年国家卫健委发布的全国最佳临床专科，上海有10个专科位列全国第一，其中复旦上医附属医院7个，排名全国医学院第一。新中国建国以来，复旦上医培养的本科生源的两院院士数量也排名全国医学院校第一。从医学院综合实力、国家卫健委附属医院官方排名、临床国际医疗标准数量，临床全国指南数量，国际医疗标准数量，本科生源的两院医学部院士数量来看，复旦上医才是我国医学生的真正圣殿。协和言过其实。
复旦百强榜的民间影响非常影响大，但它基本上还是依据医疗资源评价卫生医疗，没有考虑卫生医疗产出能力即卫生服务量癌症中位生存期、孕产妇死亡率、婴儿死亡率、甲/乙传染病防治率、人均期望寿命等健康结果指标。医疗综合实力是整体体系的较量，是要综合考虑卫生医疗投入资源和产出水平的投入产出比的。医院、医生数量、医学院、国家自然基金项目、医药、医疗器械、生命科学、转化医学……全部要纳入这个体系考虑，这个体系水平高低的最终结果就是疾病治愈率、卫生服务量等健康结果指标。医疗卫生水平高低是疾病治愈水平导向型，不是医院数量等医疗投入资源导向型，更不是论文导向型。卫生医疗主管部门卫健委发布的《国家医疗服务与质量安全报告》和《京沪卫生发展比较研究2010-2017》才代表国家认知，卫健委的评价体系才是医疗综合水平的金标准：将一地在卫生筹资、卫生人力、卫生设施等方面的水平综合为投入水平；卫生服务量、健康结果等方面的水平综合为产出水平。投入产出的比率，代表该地区卫生发展效率和综合发展水平。在这个体系下，卫健委的评估结论认为上海的医疗发展水平和效率国内最高，这是和上海接治的全国异地就医患者人数国内第一、临床医疗的国际标准全国第一、医疗领域的国家科技进步奖全国第一以及癌症中位生存期、癌症早期筛查率、癌症5年临床治愈率、甲/乙传染病防治率，孕产妇死亡率、人均期望寿命、重大疾病治愈率等健康结果指标全国第一完全匹配的。
附2021年京沪人均期望寿命、孕产妇死亡率、婴儿死亡率三大关键健康结果指标对比，可以看出，2021年人均期望寿命上海领先北京高达1.64岁，这已经是非常巨大的领先优势了。婴儿死亡率指标北京优于上海，孕产妇死亡率指标上海优于北京，总体健康结果指标上海依然占优。
2021年中科院医学部院士增选名单候选院士9人，其中上海有凌昌全、黄国英、瞿介明、谢渭芬4人，北京仅有赵世华、谭明生2人。赵世华还是不直接涉及临床手术和治疗方案的心血管影像诊断专家。联系近年临床领域国家科技奖、国家自然基金项目上海呈现的绝对垄断地位，北京医学院临床实力的大幅退步显而易见。今年中科院医学部院士候选院士9人，上海再次大幅领先也不是孤立的结果。上海卫生医疗实力已经拉开了和北京的差距，所以直接体现在最新的医学院排名之中。医学院是医院整体实力的较量。也是不同地方整体卫生医疗水平的较量。
协和医学院早就江河日下，上海卫生医疗水平无疑高于北京，交医（原上海二医大）连续10年国家自然基金（偏医疗）全国第一，每年立项数超北大医学部和清华（含清华医学院+清华医学部即协和医学院）之和。临床医学排名雄霸全国，上海还有走了弯路但2018后大量投入资源的上医（复旦上海医学院），协和医学院在这两家面前落于下风已是事实，卫健委的《国家医疗服务与质量安全报告》和《京沪卫生发展比较研究2010-2017》这才是官方报告，卫健委的评价体系才是医疗综合水平的金标准：将一地在卫生筹资、卫生人力、卫生设施等方面的水平综合为投入水平；卫生服务量、健康结果等方面的水平综合为产出水平。投入产出的比率，代表该地区卫生发展效率和综合发展水平。在这个体系下，卫健委的评估结论认为上海的医疗发展水平和效率国内最高。这是和上海接治的全国异地就医患者人数国内第一、临床医疗的国际标准全国第一、医疗领域的国家科技进步奖全国第一以及癌症中位生存期、癌症早期筛查率、癌症5年临床治愈率、甲/乙传染病防治率，孕产妇死亡率、人均期望寿命、重大疾病治愈率等健康结果指标全国第一完全匹配的。里面提及了医学院的问题，正因为北京的医学院培养模式已经逐步落后上海，所以北京整体医疗发展水平已不如上海，北京市长陈吉宁2019年春季专门开会讨论《京沪卫生发展比较研究2010-2017》，承认和上海的差距，提出奋起直追。
因为新世纪以来形成了“综合性高校--医学院-附属医院”的三级模式，现在各地卫生医疗水平也直接体现在医学院，是医学院附属医院的集群作战。医学院临床排名，近年北京协和、北医、首医都落后上海两家交大上二医和复旦上医也是实力此消彼长的结果。附图2020年全国医学院排名评估指标已经包含复旦百强医院榜评估指标（链接有明确提及:复旦百强榜医院排名也只考虑了卫生医疗投入资源，没有考虑疾病治愈率等卫生医疗产出能力，不足以代表地方的卫生医疗综合实力对比。上交医学院已经连续11年涉及治病救人的临床全国第一。近年临床领域国家科技进步奖上海也呈现大包大揽态势，比如2018年临床全部12项国家科技进步奖上海就拿走10项，体现了上海临床水平的压倒性优势，可以看成是京沪所有医学院附属医院整体对抗的结果。北京医院规模占优，临床反而是极度劣势。上海还接待了最多的全国异地就医患者数量，医院医生规模全国第一的北京，反而次于广东仅排第三。完全体现了卫健委《京沪卫生发展比较研究2010-2017》报告的结论:上海卫生医疗发展效率高于北京，健康结果等医疗产出能力高于北京。医院的排名，北京协和、301、四川华西名次占优，反而体现了规模优势问题，单体医院的规模大，医生多，科研论文占优，专科排名自然就占优。如果上医系的中山、华山随便合并成一家医院，上二医系的瑞金、仁济随便合并成一家医院，就能超过华西、协和、301，无非是你有独立团，我有整编师，但医疗整体实力看的还是悬壶济世、杏林春暖的临床实力，看的是治病救人的能力。上海两家医学院高于协和没有什么可质疑的，和附属医院规模关系也不大，因为临床成果都是集中在头部的几家附属医院。纯粹是临床水平说话。
事实上一百年以来，除了建国后院系调整后到新世纪的头十年，都是上海的两家医学院领先协和，民国期间国立上海医学院（现复旦上海医学院）全国第一，2010后是上交医学院（上二医）全国第一。现属复旦的上医是民国政府倾全国之力建的唯一一家国立医学院，一二三级教授全国最多。即使是战事吃紧，上医的钱蒋介石也没少给一分。协和名气是给周总看病的吴阶平以及妇产科奠基人林巧稚等人推起来的，但讽刺的是，如今北京孕产妇死亡率7.9/10万，上海1.15/10万，北京孕产妇死亡率高达上海近7倍，不知妇产科奠基人林巧稚先生泉下有知，作何感想？上医在民国时期就是唯一一家国立医学院，无论当时的一二三级教授数量还是学科水平，协和根本无力挑战。建国初期上医一家的实力就顶协和+北医两家，但大批专家教授调往北京，还有上医援建的重庆医科大学调走了上医很多力量。即便上医被如此削弱，计划经济年代依然是全国最强的三家医学院（协和、上医、北医），培养了最多的两院医学部院士。所谓华西、湘雅、齐鲁、中山（广东）不要说和上医比了，连上海市属的上二医都比不过。无论是国立的上医，还是教会的约大、同德、震旦医学院组成的上二医，还是迁往武汉的原本属于上海的同济医学院，上海几家医学院从民国起的传统就有踏实严谨的作风。2018年起，教育部、国家卫健委、上海市共建上医，以前上医经费窘迫问题得到根本性改观，学术上落后上二医的局面凭借上医雄厚的底蕴和实力，很快会跃升国内排名第一，目前上海两家医学院和协和、北医、首医的差距在拉开，这几年各种国家级各种奖项以及院士推选就能看出来，所以国家卫健委“健康中国”战略面向全国推广“上海经验”。
顺便提一下目前排名第一的上二医（上交医学院）的历史，是否部属、市属医科大学，是历史原因造成的，不代表实力差距。上二医由民国教会高校的约大医学院、震旦医学院、同德医学院合并而成。本身就有高超实力，约大医学院学生毕业后可以直接免试前往常春藤Harvard、UPenn医学院攻读博士。建国后上二医作为上海市属医学院，改制前几乎不在上海市外招生，上二医毕业生也分配入上海市属各大医院，去外地医院的也很少，所以上交医学院（上二医）在全国卫生医疗系统以外声名不显，但全国卫生医疗系统内部声名显赫，大部分卫生部部属医学院完全不是上二医对手。上二医附属医院在临床领域实力在全国都是翘楚。哪怕计划经济年代，上海市属的上二医全国前4也完全没有任何水分，是国家卫生医疗系统业内公认的。
1954年仁济医院完成中国首例心脏二尖瓣分离术。
1958年瑞金医院世界首次成功抢救80%以上大面积烧伤病员，此前全球无一例存活。
1963年上海市六院成功实施国际医学史上第一例断肢再植手术。
1973年仁济医院施行中国国内首例婴幼儿体外循环心内直视手术。
1978年瑞金医院完成亚洲首例心脏移植手术。
1981年成功完成中国首例联体婴儿分离手术。
1986年瑞金医院“世界白血病之父”王振义院士团队在全球首先应用全反式维甲酸诱导分化治疗方法治愈急性早幼粒细胞白血病。
1991年上海九院全国首次进行头皮撕脱伤原位再植获得成功。
1999年上海医学遗传研究所（上二医系统）研制成功中国国内首例携带有人血清白蛋白基因的转基因试管牛（注:2017年体细胞克隆猴也是上海完成，和医学高度关联的生命科学上海独步全国）。
2003年上海市一院成功施行了亚洲首例成人胰岛细胞移植、成人胰岛细胞—肾联合移植。
2004年瑞金医院成功完成亚洲首例腹腔七器官联合移植……
以上所有成就都是上交医学院（上二医）完成的，上二医临床强本身就有深厚的历史底蕴和实力。2010后上交医学院（上二医）全国第一也没有什么奇怪的。如今协和医学院都不如北京自己的首医和北大医学部了。有些人还认为国内的榜不权威，可下图有国际最权威的ESI榜，上交医学院临床医学依然遥遥领先协和100多名。
光复旦上海医学院附属医院就涌现出多个国际标准。北京的医院没有听闻官方公布的原创本土国际医疗标准。临床医学水平恰恰是卫生医疗水平最重要的评估指标。复旦附属上海中山医院创造出全球内镜黏膜下肿瘤剥离术，这就是著名的国际医疗标准“复旦-中山标准”，世界排名第一的医院:美国梅奥诊所专门派专家来复旦中山学习。在肝移植方面，上海中山医院提出了“上海-复旦标准”，使肝癌病人中，适合肝移植适应证的人群扩大约40%，移植后3年生存率达80%，与米兰标准相当。此外，医院创新多项肝移植技术，扩大供肝来源，实现了世界首例利用废弃肝行成人-儿童部分肝移植术、亚洲首例机器人辅助活体供肝肝移植术。复旦上医培养了哪怕在国际医学界也鼎鼎有名的专家葛均波，葛均波是世界最有影响力的心脏病研究专家之一，国际心内科最权威的泰斗，是美国心脏病学院院士，欧洲心脏病学会院士，是国际心脏病大会顾问委员会的唯一华人。今年华山医院著名的张文宏医生也是复旦培养的。复旦肿瘤医院胰腺外科虞先濬团队拿出的“胰肠吻合”“创新型锐性清扫”是上海医疗领域科创划时代的成就，新办法将术后胰瘘率从目前国际平均水平的15%下降至9.6%，发表在国际最权威的《外科学年鉴》和《国际癌症杂志》（InternationalJournalofCancer）上。虞先濬还建立了胰腺神经内分泌肿瘤的改良国际分期系统，成果发表在国际著名肿瘤学杂志《临床肿瘤学（JournalofClinicalOncology）上，这是目前我国已发表的胰腺肿瘤临床研究最高影响因子的论文，且成果也已经被国际指南采纳应用。受国家卫健委委托，2018年虞先濬牵头执笔编写了《胰腺癌综合诊治指南（2018版）》，该指南已作为全国标准，并被包括美日欧在内的多个发达国家的医院引入。
早在2001年6月，上海华山医院的神经外科医生就利用高超技术为一名患者进行了神经干细胞移植，病人术后恢复平稳。这是全球首例成功完成的成人神经干细胞自体移植手术。白血病最凶险的急性早幼粒细胞白血病，通过上海瑞金医院血液科王振义院士团队20多年的努力，成了世界上第一个可以被治愈的白血病。王振义团队使该病5年存活率从10%提高至目前的94%，该成果被誉为“上海方案”，并被国际权威指南指定作为一线经典治疗方案。上海中山医院在国际首创晚期肝肿瘤多模式综合治疗技术，成功研制出国内首例完全可降解心脏支架，并推广到其他国家；上海仁济医院小儿活体肝移植手术量连续7年居世界第一，同时创新性提出更适合中国患者的自身免疫性肝炎诊治新策略，改写了欧洲肝病协会提出的“巴黎标准”。由周良辅院士为带头人的复旦大学附属华山医院神经外科，在临床规模上位列全球前茅；在外科术式和脑科学领域上的不断突破，使其成为世界最好的神经外科之一。尤其近年来“颅内外脑血流重建术”的创新，使中国难治性动脉瘤治愈率达96%（发达国家均低于90%），全球第一。在肝移植方面，中山医院提出了“上海-复旦标准”，使肝癌病人中，适合肝移植适应证的人群扩大约40%，移植后3年生存率达80%，与米兰标准相当。此外，医院创新多项肝移植技术，扩大供肝来源，实现了世界首例利用废弃肝行成人-儿童部分肝移植术、亚洲首例机器人辅助活体供肝肝移植术。而来自上海仁济医院的夏强医生团队，探索并创新的小儿活体肝移植技术，使得生命垂危的肝病患儿找到了生的希望，其手术量连续七年居世界第一，术后1年和5年生存率分别为91.0%和89.3%，优于欧美国家顶尖移植中心的86.9%和80.9%，处于国际领先水平。复旦大学附属中山医院内镜中心诊疗量突破十万例，位列世界第一，并在国际上首创多项技术，例如，周平红教授创新开展的经口内镜肌切开术治疗贲门失弛缓症，徐美东教授创新开展的人体食道黏膜下“隧道”肿瘤切除术，分别被命名为“PoemZHOU”和“STERXU”，均为全球首创。上海交大医学院附属仁济医院肝移植团队共实施小儿肝移植术1424例，占全国总数42%，年手术量连续七年位列世界单中心医疗体第一，处于国际领先水平。上海总计16个国际医疗标准领先北京。
医药和医疗器械领域，医疗器械最高端的PETCT，能出口美日发达国家医院的国产产品也只有上海联影医疗的PETCT有全球竞争力，2017年上海联影的PETCT出口日本藤田保健卫生大学医院，2019年上海联影医疗的PETCT首次出口美国德州埃尔帕索SouthwestX-Ray医院，而且是美国医院贸易战形势下加征25%关税进口的，北京在高端医疗器械领域毫无竞争力。上海微创医疗公司的冠脉产品进入全球20余个国家的600多家医院，每隔90秒左右全球就有1位患者接受微创公司产品治疗。治疗阿尔茨海默症的上海原创新药GV971，是全球这十七年以来治疗该病的最好的新药，上了2019年中国邮政的纪念邮票。2019上海研发的其他新药可利霉素片、聚乙二醇洛塞那肽注射液、糖尿病药物YG1699、首款肿瘤电场治疗产品Optune等原创新药均遥遥领先北京，上海治疗糖尿病的贝那鲁肽注射液和治疗晚期结直肠癌的呋喹替尼胶囊两个原创新药也已经上市，反馈良好。上海具有唯一的国家级新药筛选中心一类新药独占全国三分之一独步全国。《自然评论》评出的10个“中国出生”的全球明星药物中，有6个是出自上海或上海参与的研发成果。
