第一条本办法依“台湾地区与大陆地区人民关系条例”（以下简称本条例）第二十二条第三项、台湾“大学法”第二十五条第三项及台湾“专科学校法”第二十六条第三项规定订定之。
第二条本办法所称大陆地区学生，指大陆地区人民有下列情形之一者：
一、经许可来台湾（以下简称来台）就读二年制专科以上学校（以下简称学校），或经由学术合作，同时在大学校院与台湾教育主管部门认可名册内所列之大陆地区高等学校或机构修读学位。
二、就读学校于岛外开设之学位专班。
第三条大陆地区人民符合下列学制报考资格之一者，得依本办法申请来台就学：
一、公立大学校院日间学制博士班、硕士班。
二、私立大学校院日间学制博士班、硕士班及学士班。
三、公私立专科学校二年制副学士班。
前项学制，不包括军警校院。
第四条学校招收大陆地区人民之名额，采外加方式办理，各校外加招生总名额，不得超过台湾教育主管部门当学年度核定招生总名额百分之一。
学校申请招生名额时，以台湾教育主管部门当学年度核定该校相同学制班次招生名额百分之二为原则。
学校或其分校、分部设立于澎湖县、金门县、连江县者，得项目申请招收大陆地区人民，不受前条第一项学制及前二项招生名额之限制。
第五条台湾“大学法”第二十五条第二项及“专科学校法”第二十六条第二项所定涉及“安全机密”之院、系（科）、所及学位学程，其认定基准及相关注意事项，由台湾教育主管部门每年定期公告。
第六条台湾教育主管部门公告前条认定基准后，学校为招收大陆地区人民就学，应拟订招生计划，报台湾教育主管部门核定。
学校办理前项招生，应以联合招生方式办理。但项目报台湾教育主管部门核准者，得单独招生。
学校依第一项规定报台湾教育主管部门核定后，应组成联合或单独招生委员会，分别由各招生学校校长，或单独招生学校之校内行政及学术主管担任委员。各该招生委员会应拟订招生规定及招生简章，报台湾教育主管部门核定后，始得实施。
考生对招生事宜有疑义，应于一定期限内向招生委员会提出申诉，招生委员会应于一个月内作成决定，必要时应组成项目小组调查处理。
第三项招生规定，应包括招生委员会组成方式、招生、考试方式、招生名额及提报程序、考生身分认定、利益回避、录取原则、保证人之资格、成绩复查、考生申诉处理程序及其它有关考生权利义务事项。
第三项招生简章，除详列前项规定内容外，应包括各院、系（科）、所与学位学程招生名额、报考资格、报名程序、考试项目、考试日期、评分基准、录取方式、考试试场规则与违规处理方式及其它相关规定，且至迟应于受理报名二十日前公告。
第七条大陆地区人民申请来台就学，应于学校规定期间，检附下列文件向联合招生委员会或学校报名，经录取者，由学校发给录取通知：
一、入学申请表。
二、最高学历证明文件或在学证明。
三、具备足够在台就学之财力证明书。
四、学校所规定之其它文件。
第八条学校应自行或指定人员，担任所录取大陆地区学生之保证人，并出具保证书。
前项保证人相关事项，准用“大陆地区专业人士来台从事专业活动许可办法”第二十条及第二十一条规定办理。
第九条大陆地区人民经学校录取后，申请进入台湾地区者，应备齐下列文件，委托录取学校代向台湾内务主管部门申请进入：
一、入出台湾地区许可证申请书。
二、学校发给之录取通知复印件及保证书。
三、大陆地区居民身份证、其它证照或足资证明身分之文件复印件。
四、委托学校代为办理进入台湾地区申请手续之委托书复印件。
五、经大陆地区公证处公证之大陆地区医疗机构或国际旅行卫生保健中心出具之健康检查合格证明。
六、其它相关证明文件。
前项第五款健康检查合格证明应检查项目，依台湾卫生主管部门订定之健康检查证明应检查项目表办理。
第一项申请文件不全，得补正者，应通知申请人于接到通知之翌日起二个月内补正，届期未补正者，驳回其申请。
